בין השנים 1920-1939 היתה קובנה בירתה של ליטא העצמאית. בשנת 1940 סופחה יחד עם כל ליטא לבריה"מ. קובנה נודעה כמרכז רוחני ותרבותי חשוב של יהדות מזרח אירופה. ב-1939 הגיע מספר היהודים בעיר לכ-40,000, כרבע מכלל התושבים. בעת השלטון הסובייטי בשנים 1940-1941 נסגרו מוסדות החינוך העבריים וחוסלו רוב ארגוני התרבות והחברה. ב-14 ביוני 1941, כשבוע לפני פלישת הגרמנים, נאסרו והוגלו לסיביר מאות משפחות יהודיות, ביניהם בעלי מפעלים, סוחרים ואישי ציבור. ב-24 ביוני 1941, כבשו הגרמנים את קובנה. כמה אלפי יהודים הצליחו להימלט לעומק בריה"מ, אך חלקם נספה בדרך. כבר לפני כניסת הגרמנים פתחו קבוצות ליטאים בפרעות רצחניות של יהודים בעיר. הרציחות בעיר נמשכו גם אחרי כניסת הגרמנים והתנהלו בהכוונתם. אלפי יהודים הועברו לאתרים כגון ה"פורט השביעי" (מצודה בשרשרת מצודות שנבנו במאה ה-19 סביב קובנה) ושם נורו למוות. כלל הקורבנות בחודשים יוני-יולי 1941 נאמד בכ-10,000 נפש.

עם כינון שלטון אזרחי גרמני, נדרשו היהודים להתרכז בשני גטאות ("הגטו הקטן", ו"הגטו הגדול") משני עברי רחוב מרכזי. השטח הוקף בגדר תיל. השמירה לאורך הגדר ובשערי הגטו נעשתה על-ידי ליטאים וגרמנים. באוגוסט 1941 התגוררו בגטו, תחת תנאים קשים ביותר, 29,760 יהודים. בתוך חודשיים וחצי חוסל "הגטו הקטן" והיהודים שבו נרצחו בסדרת אקציות. ב-28 באוקטובר נערכה האקציה הגדולה במסגרתה הועברו יותר מ-9,000 יהודים, כמחציתם ילדים, מהגטו ל"פורט התשיעי" ושם נרצחו. לאחר מכן פסקו האקציות והשתררה הפוגה עד מרס 1944. 17,412 יהודים נותרו בגטו. רובם חויבו בעבודות כפייה. הגטו סבל מרעב וגזירות שונות כדוגמת הפקודה על סגירת על בתי הכנסת ובתי הספר.

לראש מועצת היהודים נבחר הרופא ואיש הציבור הנודע, ד"ר אלחנן אלקס. מועצת היהודים הפעילה מערכת שירותים ומוסדות למען אוכלוסיית הגטו, וכן קיימה קשר הדוק עם הנהגת המחתרת האנטי-נאצית שפעלה בגטו ואף הגישה סיוע ממשי לחברי המחתרת הפרטיזנים שיצאו ליערות.

בעקבות פקודת הימלר, הפך גטו קובנה בסתיו 1943 למחנה ריכוז מרכזי. כמה אלפי יהודים הועברו למחנות קטנים בסביבת קובנה ולמחנות עבודה באסטוניה. ב-27 במרס 1944, לאחר הפוגה ממושכת באקציות, הוצאו מבתיהם כ-1,800 תינוקות, ילדים וזקנים ונרצחו.

ב-8 ביולי 1944, בהתקרב הצבא האדום לקובנה, החלו הגרמנים להעביר את היהודים למחנות ריכוז בגרמניה, ביניהם דכאו, קאופרינג ושטוטהוף. רבים התחבאו ב"מלינות" (מחבואים תת-קרקעיים). בכדי להוציאם משם השתמשו הגרמנים בכלבי גישוש, פצצות וכו'. כ-2,000 יהודים נספו בנסיבות אלה. 90 בלבד הצליחו להסתתר במלינות ולשרוד עד כניסת הצבא האדום לקובנה ב-1 באוגוסט 1944. עד יום השחרור שרדו כ-2,000 איש, ועם מאות היהודים שניצלו במחבואים שונים בקובנה ובסביבתה, שרדו 8% מכ-30,000 היהודים שהוכנסו לגטו.

רבים מיהודי קובנה עלו לישראל. כיום מתגוררים בקובנה כ-2,000 יהודים.

 להרחבה על גטו קובנה במאגר המידע "אודות השואה" לחצו כאן.